В 1920—1950-е годы политические репрессии в Советском Союзе, согласно результатам исторических исследований, коснулись в разной форме около 15 000 чехословацких граждан и лиц чешской национальности, проживавших на территории СССР. Подавляющее большинство пострадавших (около 10 000 человек) прошло через лагеря ГУЛАГа, однако в общее число вошли также жертвы расстрелов и принудительного переселения. Преследования чехословацких граждан и этнических чехов имели разные причины. Чаще всего, они были продиктованы политическими переменами в СССР и во всей Европе, вследствие чего поднялось несколько волн репрессий советских органов безопасности как против местных жителей, так и против иностранных граждан.
Первые случаи преследования чешского населения можно связать с приходом к власти в 1917 году большевистского режима. Большинство из них коснулись отдельных лиц, которых красные революционные силы считали своими врагами по причине их политической ориентации или общественного положения. Однако в последующие годы объектом политических репрессий постепенно стали также и другие слои советского населения (в частности, крестьяне и рабочие), а затем, по сути, и все советское общество без учета классового происхождения. Сталинские репрессии достигли пика на рубеже 1920—1930-х годов в ходе коллективизации сельского хозяйства и, естественно, коснулись представителей чешского нацменьшинства, которое стало селиться на территории царской России еще во второй половине XIX века. Мишенью классовой ненависти стали в первую очередь успешные земледельцы (в частности, на советской Волыни), объявленные советской властью «кулаками». Многие из них были арестованы, осуждены и отправлены в исправительно-трудовые лагеря или ссылку; исключением не были и расстрельные приговоры. Подобным репрессиям были подвергнуты также торговцы, предприниматели и успешные ремесленники: они были объявлены эксплуататорами и буржуазными элементами. Также среди пострадавших были чешские легионеры и военнопленные времен Первой мировой войны, оставшиеся по ее окончании по разным причинам в России. Не менее многочисленную группу жертв представляют и эмигранты, переселившиеся из Чехословакии в СССР на протяжении 1920-х и 1930-х годов, как правило, из экономических и политических соображений. Среди них были как члены чешских кооперативных хозяйств, квалифицированные специалисты и эксперты из различных промышленных отраслей, так и чехословацкие коммунисты, прибывшие для работы в структурах Коминтерна, или же скрывавшиеся от преследования по закону в Чехословакии.
Жестокость всех этих репрессивных действий в значительной мере парализовала советское общество, однако наиболее трагическими стали годы так называемого Большого террора – 1936—1938. В этот период было казнено почти три четверти миллиона человек, сотни тысяч невинных людей были лишены свободы. Лавина насилия задела все без исключения вышеперечисленные группы населения, к которым относились и выходцы из Чехословакии. Именно их отличие от остальных – национальная или гражданская принадлежность, деятельность в чешских национальных организациях – было наиболее частым поводом для ареста и быстрого приговора на основании сфальсифицированных обвинений в антисоветской, контрреволюционной деятельности, шпионаже на пользу иностранного государства и других подобных, к высшей мере наказания или длительному лишению свободы. В настоящий момент обнаружены исторические доказательства того, что в период между двумя мировыми войнами по политическим соображениям были казнены более 1350 лиц чешского происхождения или с чехословацким гражданством, причем большинство из них погибло именно в результате волны репрессий Большого террора. Сотни других оказались в заключении в лагерях ГУЛАГа или были выселены в отдаленные области СССР.
В связи с постепенным распадом Чехословакии в 1938—1939 годах вследствие германской и венгерской оккупации и возникновения Словацкого государства, в Советский Союз, под угрозой политического преследования, отправились тысячи чехословацких граждан. Часть из них оказалась в результате советской оккупации в восточной части Польши. Среди беженцев было несколько сотен чехов и словаков, однако наиболее многочисленную группу составляли русины (по последним оценкам, их число достигает 6000 человек), бежавшие от мобилизации в венгерскую армию, а также чешские евреи (примерно 2000 человек), которые искали защиты от преследования по расовому признаку. Среди них были и несколько сотен евреев из Протектората, депортированных в октябре 1939 года нацистами в город Ниско в восточной части Генерал-губернаторства, откуда их вскоре немцы выгнали на советскую территорию. Бегство на восток, безусловно, спасло их от преследования нацистских или венгерских властей, но, за незначительными исключениями, большинство из них стало жертвами советского режима. Аресты происходили уже при переходе границы или позже на советской территории, во время рейдов отделений НКВД против «неблагонадежных элементов», проводившихся в приграничных районах в 1940—1941 годах. Задержанные чаще всего обвинялись в нелегальном переходе границы, нелегальном пребывании на территории СССР или шпионаже, чему, как правило, соответствовал приговор от трех до пяти лет (хотя нередко встречались и сроки от восьми до 15 лет) в исправительно-трудовых лагерях, вынесенный несудебными органами НКВД. Около 15 % осужденных граждан Чехословакии заключение не пережило. Остальные, в большинстве своем, были освобождены в течение 1942 года в результате амнистии для чехословацких граждан. Граждане СССР чешского происхождения, осужденные за мнимый шпионаж или другие тяжкие антисоветские действия, или, например, лица, задержанные по различным причинам начальниками отдельных лагерей, умирали на принудительных работах в то время, когда освобожденные воевали на фронте, а зачастую и по окончании войны.
С момента освобождения первых районов довоенной Чехословакии Красной армией осенью 1944 года и до начала 1950-х годов, сотрудниками советских органов безопасности были с чехословацкой территории насильно вывезены в СССР тысячи людей. В основном это были предварительно определенные группы населения, которые советский режим считал враждебными: например, представители «белой» антибольшевистской эмиграции, лица, ранее связанные с оккупационными режимами или Словацким государством, ведущие политики Подкарпатской Руси, которые могли создавать трудности в процессе включения этой территории в состав Советского Союза. Насильно вывезены в СССР были также чехи, в прошлом провинившиеся перед советским режимом. Кроме того, из Словакии и Подкарпатской Руси на советскую территорию были вывезены тысячи немцев, венгров и словаков, которые были во внесудебном порядке мобилизованы в рамках военных репараций на работы по восстановлению уничтоженной войной советской экономики. Вывезенные русские, украинские, белорусские и русинские политики, представители гуманитарной и технической интеллигенции были наряду с нацистскими коллаборационистами на советской территории осуждены на высокие сроки лишения свободы, от 10 до 25 лет, и отправлены в лагеря ГУЛАГа. Часть из них погибла еще при аресте, другие в процессе следствия или по пути в СССР. Количество насильно вывезенных с территории современной Чешской Республики исследователи определяют числом около 300 человек, из них более 200 относились к кругам русской и украинской эмиграции. Обратно в Чехословакию после освобождения вернулось около 70 человек. Политические репрессии в Советском Союзе в послевоенные годы коснулись также тысяч бывших чехословацких гаждан в Подкарпатской Руси, уступленной СССР в 1945 году. Помимо представителей национальных меньшинств (венгров, немцев), подвергшигся преследованиям по окончании Второй мировой войны, репрессии коснулись также лиц, считавшихся украинскими и русинскими националистами, представителей церкви, жертв коллективизации или тех, кто пытался нелегально покинуть территорию Советского Союза.