Згідно результатів історичних досліджень, політичні репресії у Радянському Союзі в 1920—1950-ті роки торкнулись у різній формі близько 15 000 чехословацьких громадян та осіб чеської національності, що мешкали на території СРСР. Переважна більшість постраждалих (близько 10 000 осіб) пройшла через табори ГУЛАГу, проте у загальне число увійшли також жертви розстрілів та примусового переселення. Переслідування чехословацьких громадян та краян мали різні причини. Найчастіше вони були продиктовані політичними змінами в СРСР та в усій Європі, внаслідок чого піднялось декілька хвиль репресій радянських органів безпеки як проти місцевих жителів, так і проти іноземних громадян.
Перші випадки переслідування чеського населення можна пов'язати з приходом до влади в 1917 році більшовицького режиму. Більшість з них торкнулися окремих осіб, яких червоні революційні сили вважали своїми ворогами через їх політичну орієнтацію або суспільне становище. Однак у наступні роки об'єктом політичних репресій поступово стали також і інші верстви радянського населення (зокрема, селяни і робітники), а потім, по суті, і все радянське суспільство без урахування класового походження. Сталінські репресії досягли піку на рубежі 1920—1930-х років у ході колективізації сільського господарства і, природно, торкнулися представників чеської нацменшини, яка почала селитися на території царської Росії ще у другій половині XIX століття. Мішенню класової ненависті стали, в першу чергу, успішні хлібороби (зокрема, на радянській Волині), які були оголошені радянською владою «кулаками». Багато з них були арештовані, засуджені та відправлені у виправно-трудові табори або вислання; розстрільні вироки також не були винятком. Подібним репресіям піддались також торговці, підприємці та успішні ремісники: вони були оголошені експлуататорами та буржуазними елементами. Також серед потерпілих були чеські легіонери і військовополонені часів Першої світової війни, що залишилися після її закінчення з різних причин у Росії. Не менш численну групу жертв представляють також емігранти, які переселилися з Чехословаччини в СРСР протягом 1920-х і 1930-х років, як правило, з економічних і політичних міркувань. Серед них були як члени чеських кооперативних господарств, кваліфіковані фахівці і експерти з різних промислових галузей, так і чехословацькі комуністи, які прибули для роботи в структурах Комінтерну, або ж ховалися від переслідування за законом у Чехословаччині.
Жорстокість усіх цих репресивних дій у значній мірі паралізувала радянське суспільство, однак найтрагічнішими стали роки так званого Великого терору – 1936—1938. У цей період було страчено майже три чверті мільйона осіб, сотні тисяч невинних людей були позбавлені волі. Лавина насильства зачепила усі без винятку згадані вище групи населення, до яких належали і вихідці з Чехословаччини. Саме їхня відмінність від інших – національна або громадянська приналежність, діяльність у чеських національних організація – була найчастішим приводом для арешту і швидкого вироку на підставі сфальсифікованих звинувачень, наприклад, в антирадянській, контрреволюційній діяльності, шпигунстві на користь іноземної держави, до вищої міри покарання або багаторічного позбавлення волі. На даний момент знайшлися історичні докази того, що в період між двома світовими війнами з політичних міркувань були страчені понад 1350 осіб чеського походження або з чехословацьким громадянством, причому більшість з них загинула саме у результаті хвилі репресій Великого терору. Сотні інших опинилися в ув'язненні в таборах ГУЛАГу або були виселені у віддалені області СРСР.
У зв'язку з поступовим розпадом Чехословаччини у 1938—1939 роках внаслідок германської і мадярської окупації, а також утворення Словацької держави, до Радянького Союзу, під загрозою політичного переслідування, відправились тисячі чехословацьких громадян. Частина з них опинилась в результаті радянськох окупації у східній частині Польщі. Серед біженців було декілька сотень чехів та словаків, проте найчисленнішу групу становили русини (за останніми оцінками, їх число досягає 6000 осіб), які втекли від мобілізації до угорськох армії, а також чеські євреї (приблизно 2000 осіб), які шукали захисту від переслідування за расовою ознакою. Серед них були і кілька сотень євреїв з Протектората, депортованих у жовтні 1939 року нацистами до міста Нисько в східній частині Генерал-губернаторства, звідки їх німці незабаром вигнали на радянську територію. Втеча на схід, безперечно, врятувала їх від переслідування нацистської або угорської влади, але, за незначними винятками, більшість з них стала жертвами радянського режиму. Арешти відбувалися вже при перетині кордону або пізніше на радянській території, під час рейдів відділів НКВС проти «неблагонадійних елементів», що проводилися у прикордонних районах в 1940—1941 роках. Затримані найчастіше звинувачувалися у нелегальному перетині кордону, нелегальному перебуванні на території СРСР або шпигунстві, чому, як правило, відповідав вирок від трьох до п'яти років (хоча нерідко зустрічалися і терміни від восьми до 15 років) у виправно-трудових таборах, винесений несудовими органами НКВС. Приблизно 15% засуджених громадян Чехословаччини висновок не пережило. Решта, у більшості своїй, була звільнена протягом 1942 року в результаті амністії для чехословацьких громадян. Громадяни СРСР чеського походження, засуджені за уявне шпигунство або інші тяжкі антирадянські дії, або, наприклад, особи, затримані за різних причин начальниками окремих таборів, вмирали на примусових роботах в той час, коли звільнені воювали на фронті, а часто і після закінчення війни.
З моменту звільнення перших районів довоєнної Чехословаччини Червоною Армією восени 1944 року і до початку 1950-х років, співробітниками радянських органів безпеки були з чехословацької території насильно вивезені в СРСР тисячі людей. В основному це були попередньо визначені групи населення, які радянський режим вважав ворожими: наприклад, представники «білої» антибільшовицької еміграції, особи, раніше пов'язані з окупаційними режимами або Словацьким державою, провідні політики Підкарпатської Русі, які могли створювати труднощі у процесі включення цієї території до складу Радянського Союзу. Насильно вивезені до СРСР були також чехи, що в минулому провинилися перед радянським режимом. Крім того, зі Словаччини та Підкарпатської Русі на радянську територію були вивезені тисячі німців, угорців та словаків, які були в позасудовому порядку мобілізовані в рамках військових репарацій на роботи по відновленню зруйнованої війною радянської економіки. Вивезені російські, українські, білоруські та русинські політики, представники гуманітарної та технічної інтелігенції були поряд з нацистськими колаборантами на радянській території засуджені до високих термінів позбавлення волі, від 10 до 25 років, і відправлені до таборів ГУЛАГу. Частина з них загинула ще під час арешту, інші в процесі слідства або дорогою до СРСР. Кількість насильно вивезених з території сучасної Чеської Республіки дослідники визначають числом близько 300 осіб, з них понад 200 належали до кругів російської та української еміграції. Назад до Чехословаччини після звільнення повернулося близько 70 осіб. Політичні репресії у Радянському Союзі у повоєнні роки торкнулися також тисяч колишніх чехословацьких громадян у Підкарпатській Русі, відступленої СРСР у 1945 році. Крім представників національних меншин (угорців, німців), які зазнали переслідувань після закінчення Другої світової війни, репресії торкнулися також осіб, що вважалися українськими та русинськими націоналістами, представників церкви, жертв колективізації або тих, хто намагався нелегально покинути територію Радянського Союзу.